沙漠治理学院成立于2016年6月3日，其渊源可追溯至1960年在原内蒙古林学院成立的中国第一个沙漠治理专业和1983年成立的水土保持专业。1997年水土保持专业土地规划与管理专业方向招生，1999年设立土地资源管理专业。2001年设立资源环境与城乡规划管理专业，2013年调整为人文地理与城乡规划专业。2000年土地资源管理专业土地整治工程专业方向招生，2021年设立土地整治工程专业。

学院现有教职工67人，其中专任教师52人；教授13人，副教授20人；具有博士学位的专任教师44人，硕士学位8人；博士研究生导师11人，硕士研究生导师32人。获批“水土保持与荒漠化防治”自治区教学团队，“防沙治沙”自治区科技创新团队，“黄河流域多沙粗沙区生态修复理论与技术”自治区科技创新团队。在校生1450人，其中，本科生1181人，硕士研究生236人，博士研究生33人。

学院下设沙漠治理与水土保持系、土地资源管理系、土地整治工程系3个专业教学机构和1个本科实验教学中心，现有水土保持与荒漠化防治、土地资源管理、土地整治工程3个本科专业。其中，水土保持与荒漠化防治专业为自治区品牌专业（2005年），自治区重点建设专业，2019年获批国家一流本科建设专业。《治沙原理与技术》是自治区精品课程（2005年）和国家精品课程（2007年）。

水土保持与荒漠化防治学科是一级学科，国家重点（培育）学科（2008年）、国家林业和草原局重点学科（2006年）、自治区重点学科（1985年），具有博士（2000年）、硕士（1984年）学位授权点。土地资源管理学科具有硕士学位授权点（2006年）。学院设有林学一级学科博士后流动站（2006年）和林业专业硕士学位授权点。

学院建有沙地生物资源保护与培育国家林业和草原局重点实验室（1995年）、内蒙古自治区风沙物理与防沙治沙工程重点实验室（2015年）、内蒙古杭锦荒漠生态系统国家定位观测研究站（2015年）、国家林业与草原局文冠果工程技术研究中心（2016年）、荒漠生态系统保护与修复国家林业和草原局重点实验室（2018年），与中国林业科学研究院沙漠林业实验中心共建“国家林业草原防沙治沙工程技术研究中心”（2021年）。2008年国家财政部批准建设中央与地方共建高校特色优势学科“风沙物理学”重点实验室。内蒙古农业大学沙漠治理研究所（1983年）挂靠在沙漠治理学院，主办国家中文核心期刊《干旱区资源与环境》（1986年）。

学院设沙地植物资源研究中心、国土整治与利用研究中心、碳汇计量与评估中心三个院级研究机构。在巴彦淖尔市磴口县中国林业科学研究院沙漠林业实验中心（2005年）、鄂尔多斯市准格尔旗（2016年）、包头市利嘉置业有限公司（2017年）、内蒙古中元建筑规划设计有限公司（2018年）、国能神东煤炭生态环境管理中心（2021年）建有5个“内蒙古农业大学实践教学基地”。

经过60多年的建设发展及几代教师的学术传承和不断开拓，学院已形成具有本科、硕士研究生、博士研究生、博士后完整的人才培养层次，为国家培养了近7000名合格人才。

学院在荒漠化防治、沙区植物资源保护与利用、沙产业开发、矿区生态恢复、水土保持与水土资源利用、国土整治与保护、村镇规划与景观配置等方面形成了自己的特色和优势。水土保持与荒漠化防治学科已体现出明显的区位优势、资源优势和人才优势及民族特色、文化特色，在国内同类学科中处于前列，在国际上有重要影响。

“十三五”以来，学院承担国家重点研发、国家科技支撑、国家基金和省部级科技纵向课题100余项，累计经费1.4亿余元；承担横向课题20余项，经费1500余万元。形成可降解纤维PLA（聚乳酸纤维）沙障治沙技术和臭柏生态学特性研究及造林技术等为代表的系列成果。获得内蒙古自治区科学技术进步一等奖2项、二等奖3项、三等奖2项，甘肃省科技进步一等奖1项，其它省部级奖励10余项；获批授权专利60余项；颁布国家、地方标准2项；发表科研论文400余篇，出版著作20余部。

中国治沙暨沙业学会沙区植物资源保护与利用专业委员会、中国水土保持学会风蚀防治专业委员会、内蒙古沙漠学会挂靠在沙漠治理学院。