沙漠治理学院成立于2016年6月3日，其渊源可追溯至1960年在原内蒙古林学院成立的中国第一个沙漠治理专业和1983年成立的水土保持专业。学院现有教职员工67人，其中专任教师51人；教授12人，副教授21人；具有博士学位的教职工39人，硕士学位21人；博士研究生导师14人，硕士研究生导师34人。在校生1478人，其中，本科生1228人，硕士研究生215人，博士研究生35人。
　　学院下设沙漠治理与水土保持系、土地资源管理系、土地整治工程系3个教学机构，现有水土保持与荒漠化防治、土地资源管理、土地整治工程3个本科专业。其中，水土保持与荒漠化防治为国家级一流本科专业，自治区首批品牌专业，是自治区重点建设专业。
　　水土保持与荒漠化防治、野生动植物保护与利用学科具有博士、硕士学位授权点，土地资源管理学科具有硕士学位授权点。水土保持与荒漠化防治学科是国家重点（培育）学科、国家林业与草原局重点学科、自治区重点学科。野生动植物保护与利用学科是自治区重点（培育）学科。水土保持与荒漠化防治学科设有林学一级学科博士后流动站。
　　学院建有内蒙古杭锦荒漠生态系统国家定位观测研究站、国家林业和草原局文冠果工程技术研究中心、荒漠生态系统保护与修复国家林业和草原局重点实验室、内蒙古自治区风沙物理与防沙治沙工程重点实验室，与中国林业科学研究院沙漠林业实验中心共建国家林业草原防沙治沙工程技术研究中心。学院建有5个“内蒙古农业大学实践教学基地”。获批“水土保持与荒漠化防治”自治区教学团队，“防沙治沙”自治区科技创新团队。
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