荒漠生态系统保护与修复国家林业和草原局重点实验室（Key Laboratory of State Forest Administration for Desert Ecosystem Protection and Restoration）依托内蒙古农业大学，由沙漠治理学院建设管理，是以干旱区荒漠研究为特色，以荒漠生态系统发生发展机制、优良种质植物资源开发与利用和生态系统保护与修复为研究重点的综合性实验室。2018年，原国家林业局批准内蒙古农业大学筹建“荒漠生态系统保护与修复重点实验室”，经过两年的积极建设，2020年底，实验室通过国家林业和草原局验收，正式投入运行。目前，实验室拥风沙环境与风洞实验室、干旱区植物筛选与扩繁实验室、植物抗逆境生理生化实验室、荒漠植被保护与修复实验室4个功能性实验室；配备多功能大型培育温室大棚、海流种苗示范园区、磴口防沙治沙技术体系示范基地4个野外研究、试验和示范平台。

实验室以服务我国北方生态屏障和靓丽风景线建设为己任，以建设国内一流、世界前列的荒漠生态系统实验室为目标，依托内蒙古农业大学在沙漠治理研究领域的长期积淀，在国家林业和草原局的带领下，重点针对荒漠生态系统发生发展机制、保育与修复等干旱区亟待解决的“生态建设和绿色发展”问题开展相关研究工作，立足内蒙古，服务“三北区”。

实验室以荒漠生态系统发生发展与评价、荒漠优良种质植物资源筛选与利用和荒漠生态系统保护与修复技术为主要研究方向，结合内蒙古农业大学分布在乌兰布和沙漠、库布齐沙漠和毛乌素沙地的野外实习基地，对我国西北部荒漠生态系统荒漠荒漠生态系统发生发展机制、荒漠优良种质植物资源开发与利用以及荒漠生态系统保护与修复工作展开研究。

实验室现有仪器设备总价值3909.85万元，其中50万元以上的大型仪器14台，仪器总值1316.4万元；实验室既有野外长期观测的仪器，又有室内采样分析仪器，仪器设备配套合理，互补性好；大型精密仪器配备专人负责日常运行及维护。

内蒙古农业大学为荒漠生态系统保护与修复重点实验室建设划拨实验用房6间，合计建筑面积465m²，用于加强荒漠优良种质植物资源筛选与利用方向的研究。2019年，学校再次投入785万元建设风沙环境风洞和智控降雨模拟大厅综合试验楼，配套实验用房19间，建筑面积合计2100m²，为荒漠生态系统发生发展与评价方向和荒漠生态系统保护与修复技术方向的研究提供了良好的条件和平台。截至到目前，荒漠生态系统保护与修复重点实验室共有用房39间，建筑面积总计3715m²，其中办公用房11间，建筑面积275m²；实验用房28间，建筑面积总计3440m²。

实验室已建设实验室门禁系统和实验室以及仪器网络预约系统，所有人员使用实验室以及仪器时，均使用固定账号登录，根据实验室以及仪器实际情况进行预约使用，并且根据预约情况制卡进出实验室，根据系统预约及归还规则严格管理。